Засноване на початку 19 століття німецькими колоністами.
Назване на честь перемоги російських військ над французькою армією Наполеона І в Бородінській битві під Москвою.
За даними 1859 року у німецькій колонії Аккерманського повіту Бессарабської області мешкало 1618 осіб (812 чоловічої статі та 806 — жіночої), налічувалось 149 дворових господарств, існувала лютеранська церква та сільське училище.
Станом на 1886 рік у колонії Клястицької волості мешкало 2903 особи, налічувалось 151 дворове господарство, існували лютеранський молитовний будинок, школа, поштова станція та лавка.
За переписом 1897 року кількість мешканців зросла до 2027 осіб (1014 чоловічої статі та 1013 — жіночої), з яких 1947 — лютеранської віри.
У 1912 році поблизу селища було знайдено Бородінський скарб, що складається із золотих, срібних, бронзових виробів, має рідкісні породу нефриту і тальку. Він датується 2 тис. р. до н.е.
22 квітня 1941 року село Бородіно передане з Тарутинського району до Манзирського, райцентр перенесений з Манзиру до Бородіно і район перейменований на Бородінський.
У роки Другої світової війни 157 жителів Бородіно брали участь у боях з нацистськими окупантами, 58 з них загинули.
30 грудня 1962 р. Бородінський район ліквідований і Бородіно увійшло до складу Тарутинського району Одеської області.
У липні 1995 Кабінет Міністрів України ухвалив рішення про приватизацію Бородінського колгоспу.
